就在此时，黑大帅的法力完全恢复，放射出了黑色基因光线，感染了所有的兔子兵们。结果黑大帅用计将羊羊们成功地送回了青青草原，同时，七大恶狼也被成功地送回了青青草原。在青青草原上，羊羊们将七大恶狼耍得直求饶。而在古古怪界，黑大帅很轻松地击败了潇洒哥，夺到了光明道具，并早已使用黑色基因光线重新统治了地下世界——来源于古古怪界的全体居民都感染了黑色基因光线。灰太狼夫妇因无食物而请求黑大帅送他们回青青草原，此时黑大帅提出了个要求，要求是让灰太狼将光明道具改装为黑暗道具。黑暗道具可将黑色基因光线的力量增强，就算不是来源于地底世界的动物也会被感染，也会被控制。灰太狼做完后，黑大帅还是有着十分过分的要求，还是不让灰太狼夫妇离开，灰太狼夫妇只好多次花费自己的心血，乘坐自制的火箭，成功地逃回到了青青草原。

在青青草原上，羊羊们从灰太狼处得知潇洒哥和蛋蛋有难，凭着自己的良心打算回古古怪界去营救。羊羊们回到古古怪界后，灰太狼的良心发现了，也跟着去了，并告诉羊羊们，黑暗道具的底部，也就是控制室，有一个机关，转动便可恢复成光明道具。由于灰太狼和小羊们缺乏默契，结果彼此间总是好心办坏事，最终都没成功，灰太狼差点也就被黑魔水感染了。灰太狼的逃离计划被不小心透漏给了红太狼，红太狼却将其偷偷转告给了黑大帅。由于控制室的大门被黑大帅事先彻底封住，喜羊羊他们只能去炸毁黑暗道具，以防止继续感染更多的生物。但一次次周密的计划皆被黑大帅识破，这使喜羊羊等人怀疑羊羊们当中有内奸。果不其然，当喜羊羊、沸羊羊和美羊羊一起去诈降时，美羊羊出卖了他们，原来美羊羊早就被黑暗道具的黑魔水感染，已被控制加入黑大帅一方。与此同时，在灰太狼带着红太狼迅速逃离之后，灰太狼才发现红太狼也早已被黑魔水感染。狼羊双方在此之前根本就没有意识到站在安装黑暗道具的摩天轮下躲避是非常危险的。羊羊们与灰太狼一起被关了起来。同病相怜的两方决定一起挖地道越狱逃跑。慢羊羊和懒羊羊他们有一个计划，即假装将潇洒哥捉住并将其献给黑大帅。黑大帅在收到盒子时以为盒子里一定是炸弹，在发现盒子里是蛋糕后大怒，向潇洒哥放出强烈的闪电，不料此时灰太狼正好从地下出来，绊倒了即将发射闪电的黑大帅，闪电径直朝黑暗道具飞去，轰的一声，黑暗道具最终被黑大帅失误摧毁，这意味着大家成功地阻止了黑大帅继续感染更多的生物。

然而，由于黑暗道具被摧毁，光明道具也一并消失，没有消灭黑大帅的办法了。潇洒哥又和羊羊们来到了鸡爪山并找到了鸡妈妈。鸡妈妈想出让潇洒哥与蛋蛋合体成为潇洒超人的办法，但蛋蛋早已被黑大帅偷偷地抓走了。众羊打算去假装投降，把蛋蛋救出来。在这关键时刻，美羊羊突然间告知黑大帅，潇洒哥一旦与蛋蛋合体成功，那就势不可当了。灰太狼决定向黑大帅提供这样一个建议：使用灰太狼制造的火箭，将潇洒哥和蛋蛋分别送往南极和北极，这样就安全了。事发后，羊羊们及时地救下了潇洒哥和蛋蛋，然而众羊们并不知道应该如何让他们合体。当他们被一起扔进锅里煮时，潇洒哥无意间吃掉了蛋蛋，二人意外合体成为潇洒超人。潇洒超人用白洞攻击成功地打跑了黑大帅与灰太狼。

灰太狼建议黑大帅带领部下一起逃回鸡舍，正好碰上懒羊羊，便将其抓住。与此同时，懒羊羊向喜羊羊通知了发生的事情，羊羊们返回营救。黑大帅发现灰太狼忍不住要吃懒羊羊，遂放电对其攻击，结果由于黑大帅被潇洒哥击中，全部能量法力被传送给了灰太狼，灰太狼成功地成为了地底世界的大王。在黑大帅的法力全部消失之后，黑大帅只好去投靠羊羊们。在古古怪界发生的这场战争的末期，灰太狼轻而易举地抓住了羊羊们、黑大帅、潇洒哥和鸡妈妈，并决定把他们一同扔进锅里煮熟，以使自己能够享受到丰盛的晚餐。紧急时刻，潇洒哥与黑大帅因为要保护鸡妈妈，所以合体成为潇洒超人(第二代)，成功地击败了灰太狼。

慢羊羊发明了机器蛋，将灰太狼关进机器蛋里，让鸡妈妈孵化了七天，灰太狼就可以放出净化基因光线净化地底世界，早点结束古古怪界的这场战争。在被净化完成之后，灰太狼仍然拒绝放出净化光线，众羊们只好将灰太狼关进笼子里。到了晚上，鸡妈妈说她自己有一粒珍藏的药丸，吃下之后可增加100倍的功力，刚刚挖地洞逃跑的灰太狼听后立即抢走并吃下药丸。结果灰太狼中计，反而使用最大功率输出了净化光线，照遍了整座古古怪界，使一切都得以恢复。古古怪界的所有居民都恢复了正常的意识，美羊羊和红太狼也恢复了。小羊们和灰太狼夫妇回到了地面世界，古古怪界的这场战争就此结束了。

在地面世界，灰太狼还仍然拥有黑大帅的法力，其借此将羊村攻破，抓住了沸羊羊、懒羊羊和暖羊羊，只有喜羊羊和美羊羊幸免于难。最后，喜羊羊想出办法，联合美羊羊，借助红太狼的身体，用能量转移机将灰太狼身上的力量分给了青青草原上的各种动物，成功地打败了灰太狼——这就是故事的结局了。